《呼噜小精灵第二季》继续讲述发生在来自睡不醒王国的呼噜小精灵和男孩可乐之间的故事。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
八万年前，一代至尊星辰大帝被自己的妻子红尘仙女暗害而亡；八万年后，大帝神魂意外重生在了清风帝国天星学院的废物杨尘身上。然而原主的身世卑微，不过一介家仆之子，一直被家中大少爷欺压。继承原主因果的杨尘，借炼丹师上门主家做客之机，以大帝的底蕴眼界，开始在炼丹师群体中刷新声望，借力打力，为自己撑起了初期的庇护网。立足稍稳的杨尘，为了体会八万年的世间变化，起初仍蛰伏在天星学院中默默提升实力。不过十分巧合地，他发现自己的同学中，居然有八万年前义子的孙辈。在辗转与义子相认，了解到八万年的世间种种后，杨尘坚定了向红尘仙女复
公元 3084 年，人类定居星际空间，但太空仍然充满秘密 - 最先进的宇宙飞船 Delta 号由一个非常强大的电子大脑控制，负责执行对新发现星系的研究任务。Delta 计划的构想是为了建立星际文明之间的对话。外星记者 Alma 被允许登上宇宙飞船后不久，她和船长注意到控制飞船的超级大脑可以自行行动。然而，没有人指望这个人工智能会想要探索人类的情感和感觉领域。最终，他们意识到记者的美貌是大脑奇怪行为的原因。她成为了大脑的缪斯女神。这台被迷住的机器失控并威胁到周围的所有生物。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。
