江小白醒后想起了过去的一切：校庆当天一起为佟离唱的歌，冤枉佟离将夕雨推下水，图书馆的畅谈，送给佟离的玻璃珠，未来得及对佟离说的喜欢。和小白一起追赶佟离的夕雨在途中遭遇了车祸，而夕雨的一切行为都只是为了让小白注意到佟离。走遍了所有和江小白留下记忆的地方并决定离开重庆的佟离，在机场被赶来的江小白挽留，无法放下夕雨和江小白在一起的佟离最终选择了离开。一年后，杂志社的各位都有了新的生活，小敏也如愿进入了文筝。而追赶不慎掉落玻璃珠的江小白也再次遇见了捡起玻璃珠刚刚归国的佟离。
“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
