Weir博士重获新生，McKay博士试图拯救遭受复制者攻击后早已成千疮百孔的亚特兰蒂斯。可供使用的能源仅可维持24小时，又无法使用星际之门，亚特兰蒂斯小队能否再次战胜世界末日......McKay与Sheppard计划从复制者的手中夺回ZPM。而与此同时，Samantha Carter会同Apollo正在找寻传说中遗失的城市--亚特兰蒂斯。McKay他们的计划能否成功?Carter能否找到遗失城市的所在?
梁永军、司文斌、周瑞麒三名生长环境、心态完全不同的90后，聚集在极限训练的山地部队。为锤炼山地旅，特种大队副大队长李铁率队扮演武装匪徒，进行实战化的演习。梁永军凭着过硬的素质，得到侦察连连长肖军认可，被调到了侦察连，和司文斌、周瑞麒等士兵组建全数字化特战分队。在侦察连，梁永军意外与前来代职的前女友林雨青重逢。在艰苦的训练中，梁永军与司文斌、周瑞麒等士兵建立了深厚友谊。大演习中，梁永军骄傲轻敌，山地旅遭受建旅以来的第一次大败。旅长在旅大院建起一堵耻辱墙。在大李等人的帮助下，梁永军等人克服困难，快速成长。小豹队迎来雪耻的机会，梁永军率领小豹队带着必胜的信念再次走上军区比武场。在林雨青的技术支援下，梁永军率领小豹队力克强敌。山地旅耻辱墙改为荣誉墙，小豹队重建并被委以重任
幸存者们发现岛上存在神秘建筑入口，在杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）的带领下进行探索，强制进入舱门后，发现里面竟然有人，且是杰克曾经在现实中有过一面之缘的戴斯蒙德（亨利·伊恩·库斯科 Henry Ian Cusick 饰），如同看到救星一般，戴斯蒙德留下一串数字密码便跑掉了，而杰克一行则需要接替他的任务——每隔108分钟输入密码以关掉警报。在舱门中，幸存者们找到充足食物，也由一卷录影带了解到这座孤岛的背景，似乎和某个失败的实验有关。另一方面，扎起竹筏试图离开岛屿的迈克尔（哈罗·佩里纽 Harold Perrineau 饰）等人并没有成功驶向深海，而是被潮水带到岛的另一边，发现还有一群机尾的幸存者，他们挟持着迈克尔等人慢慢向营地靠近……
