东方图腾神秘消失，神龙九子及诸神后裔等神兽被派遣到人界竞选图腾，新的图腾将肩负起守护世界的使命，然而邪恶力量趁机肆虐，世界危机四伏。进入人界的神兽与人类小孩相遇结印，共同对抗黑暗势力……
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
