《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
李献计是一位患有差时症的病人，一直以来，他都坐在电脑前玩一款据说没有打通关过的游戏，为此李献计不惜以卖肾为代价。李献计在高人指点下得知要想打通关这款游戏，就要花50万元买一种兴奋剂，为此李献计经历了一段充满传奇的旅程，可是因为差时症的原因，那段旅程在他记忆里被奇迹般地缩短了。李献计不顾一切想玩通关这款游戏是因为传言只要打通这款游戏，就可以回到过去，李献计想要回到和王倩分手的时候。功夫不负有心人，李献计终于打通关了这款游戏，可是结果却并不是他最初想象的那般，可是李献计并没有放弃，直到慢慢老去……
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
在该剧中，居然还有一个专门负责人力资源的常规角色（Amber Nash配音）。这在同类动画中非常少见。
