高飞（高露 饰）是一名医生，虽然在工作上，她沉着冷静的应对种种突发状况，深得患者和领导的信赖，但在感情生活里，单纯天真的她却总是做出不合时宜的举动，说出不假思索的话。高飞有过一段短暂的婚姻，但这段婚姻以失败告终。之后，高飞邂逅了名为黄成（曹炳琨 饰）的男人，两人坠入爱河，高飞发誓，这一次，无论如何她都不会搞砸了。然而天不遂人愿，新婚的喜悦刚刚褪去没多久，高飞便遇到了和从前一模一样的问题。难缠的婆婆，和丈夫之间百般的误会，前夫再度出现反复纠缠，接二连三的意外让高飞的第二段婚姻很快的亮起了红灯。
丁常旺（郭晋安 饰）自幼就患有智障，智力一直停留在7岁水平，由单身母亲一手带大。阿旺虽然智力不高，但为人正直、十分热心，他和街坊阿凤（宣萱 饰）从小一起长大，青梅竹马；阿凤升学时阿旺甚至将自己的全部积蓄交给阿凤，让她能安心在美国完成学业。阿凤学成归来后进入了本地一家大集团钟氏集团工作，阿旺为了保护阿凤不被坏人欺负，亦进入钟氏集团当了一名信差。钟氏集团的老板（秦沛 饰）其实就是阿旺的亲生父亲，他同父异母的大哥钟子聪（黄宗泽 饰）也在钟氏任经理。阿旺乐于助人、尽职尽责的人生态度感染周围的许多人，只是，他7岁的智力水平能否应付成人世界里的虚伪？
剧中郭家铭饰 演的民兵队长苟金石率领部队保护黄 金突破日军的重重封锁与围追堵截， 与敌人斗智斗勇，最终完成运金任 务。
耿兆琪和李向功是战争年代的生死之交。其子女耿天放和李梦柔被视为郎才女貌天造一双。耿兆琪承诺李向功，让天放和梦柔定下终身。订婚时天放却毁约了。此举导致耿李两家关系破裂，梦柔的弱智哥哥大彪在此期间走失，李向功竟也气绝身亡。耿兆琪和儿子断绝了关系并发誓，即便死也要找回大彪，以赎儿子的不义之罪！天放历经坎坷，被欺骗，被利用，为爱所伤也为爱伤过别人进过劳教，但终没得到父亲的原谅。老耿历尽千辛终于找回了大彪像亲儿般细心照料，他终于可以带着大彪在李向功墓前兴奋告慰了；为赶写《伟大的父爱》一书，天放的眼角膜坏死双目失明了，而此时老耿也被查出癌症晚期，在生命的最后一刻，他委托做了眼科医生的李梦柔把自己的眼睛膜移植给了儿子，并留下一句话给他：“父爱是金，诚信做人。”
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
