击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，
失明教师叶黎三年前穿越异界，获得最强名师系统，原本想教导山村孩童，却不知学生全是山间精怪，他的课程蕴含特殊能量能为精怪洗髓伐骨提升天赋，在不知情的状态下将一众精怪培养成实力强大的妖神级存在，学生们纷纷成为各族继承人和领袖，成为各方势力拉拢的对象和年轻一代的榜样，真正实现了“满山精怪全成妖神”的传奇。
在私立星礼高等学校过着普通高中生活的高校生音羽舞樱，某一天取代了突然失踪的阳明咲成为了以Aikatsu Planet顶级偶像“花（Hana）”的身份，开始了偶像活动，但是舞樱作为Hana的事，是对大家都保密的。
网游荣耀中被誉为教科书级别的顶尖高手叶修，因为种种原因遭到俱乐部的驱逐，离开职业圈的他寄身于一家网吧成了一个小小的网管，但是，拥有十年游戏经验的他，在荣耀新开的第十区重新投入了游戏，带着对往昔的回忆，和一把未完成的自制武器，开始了重返巅峰之路。
