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由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
雷欧（小野贤章 配音）是一名号称世界最强的勇者，拥有强悍实力的他抵御了魔王大军的侵略，从邪恶的魔王手中拯救了世界。可是，当和平重新降临大地之后，雷欧的强大开始让人们感受到了威胁，最终，雷欧被忘恩负义的人类赶出了圣都，踏上了流浪的旅途。心灰意冷的雷欧失去了一切，兜兜转转之中竟然来到了战败的魔王军领地，在这里，他找到了未来的方向，就这样，雷欧隐瞒了自己的真实身份，加入了魔王军。魔界最强埃凯德娜（本渡枫 配音）、头脑聪慧但抗压能力极差的修蒂娜（伊藤静 配音）、单纯坦率的兽人丽丽（大和田仁美 配音）、沉默寡言的暗杀高手米卢涅斯（内山夕实 配音），雷欧决定帮助四天王一起重整魔族军队。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
