西历2008年7月，因科学过度发展，威力强大的超磁力武器，在战争中被发动，地轴弯曲，地壳发生大变动，五大洲爆裂，陆地下沉，在一瞬间把一半的地球摧毁！ 20年后，在残留的小岛上，一直以为在大变动后世上只余下他与爷爷相依为命的少年高立，在偶然间，在岛上海滩救了有与动物沟通能力的少女罗拉，因为罗拉的爷爷是科学家，所以野心家们便想捕捉罗拉对其作出威胁。来到岛上的坏人杀害了高立的爷爷，并捉走了罗拉，因此高立便踏上了拯救罗拉的旅程。
新作劇場版《永遠的大和號 REBEL3199》將過去的劇場版《永遠的大和號》由原作西崎義展與編劇福井晴敏協力，重新詮釋並改編為 7 個章節的劇場版動畫。其中「第一章 黒的侵略」於 2024 年 7 月 19 日上映
三剑客成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝胜利造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。三剑客赶到之时，方丈与果姥为保存实力，不单一个装疯扮傻，一个诈死，还出狠招将三剑客打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会三剑客，促使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。
