数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
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真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
少年宁鱼被人毁掉丹田，受尽屈辱，在偶然之下进入了母亲留下的玉佩之中，发现了神魔养殖场，在养殖场内的神魔帮助之下，重塑丹田，走上了一条完全不同的肉身修行之路。
少年罗烈被意外选中召唤到异界，顶替他人的身份活下去。异界中大小势力割据，处处暗藏杀机。思乡心切的罗烈靠着坚韧的品性与魂穿时获得的神秘能力，在风云诡谲的局势中克服重重困难，突破自身极限，名震一方。然而，险象环生的困境、奸佞狡诈的诡计对他步步紧逼，在青梅竹马的舍命相助下，无心成为英雄的罗烈却意外走上了一条英雄之路，前方等待他的是万劫不复的深渊，亦或是拨云见日的光明？
