李安镇守边关，浴血奋战，挽天佑王朝于将倾，然而在他为国杀敌的时候，他未过门的妻子司木琪却和太子厮混在了一起，天佑王朝国主更是免去了他大将军的职位一夜之间，他从万人敬仰的将军，变成了人人可欺的废物但天无绝人之路，李安得到早已绝迹世间的剑修传承，获得了可斩星辰、可破苍穹的星剑。李安自此剑指苍弯，以剑入道，斩去世间一切的不公。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
