在森林小镇，羚羚羊老大的初代克隆羊已悉数落网！但这位反派首领并未放弃，选择悄然潜入水城，研发出了各具特色...
本片讲述了留守少年阿娟和好友阿猫、阿狗在退役狮王咸鱼强的培训下参加舞狮比赛，经过重重磨砺，从病猫变成雄狮的成长故事。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
