故事围绕现代道士谢罗展开，他少年时得武当山至高典籍天地大道书修炼，在武当、全真、茅山、龙虎山、蜀山道家五宗大蘸上冠绝年轻一代，被公推为当代道门天下行走。 谢罗的踪迹遍布各地，如北疆之行、东瀛之行等，面对各种邪恶势力，包括堕入邪道的修行者、神秘的降头师等 。在与各方势力交锋中，谢罗展现出超强实力，如使用金霄八极阵、天雷地火等法术，还经历了拍卖会竞价交锋、深入敌巢等情节 。还涉及谢罗的身世秘密、情感纠葛等，其母亲相关情节也逐渐浮出水面 。
32年前的审判之日，空间被撕开裂缝，异界怪物入侵，不到1个月，世界人口少了30亿，在末日到来之际，人类中出现了“异能者”，正因有了这些异能者，人类也开始了对怪兽的反击，为了阻止从传送门中入侵的怪物，人类为了培养猎人，1：1000的求生游戏——《失落之城》上线，游戏中拥有不败战绩的玩家“未知者”，阴差阳错成为了现实世界的猎人，展开了他的拯救世界之路。
主角意外穿越至与《我的世界》高度契合的方块异世界，这里曾是生机盎然的方块天地，却因“虚空腐化”的蔓延濒临崩塌——腐化之力吞噬方块大陆，扭曲生物形态，就连末地、下界也沦为黑暗巢穴，人类据点仅剩最后一隅，世界步入毁灭倒计时。
明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……本片根据同名漫画改编。
