本剧改编自蓝艾草的同名小说，许清嘉自幼父母双亡，寒门苦读成榜眼，与世交胡家的小女胡娇喜结连理。胡娇虽然出身屠户家，不通文墨，但性格开朗积极、不拘小节，将一切打理得井井有条。许清嘉一心为民，改革奋进，从任职县丞开始，许清嘉减赋税、破银矿案，胡娇参与建设县学、开设打拳课，协助许清嘉断案，两人联手获得了本地百姓和异乡人的一致认可。升任州府后，许清嘉因地制宜，种药材发展经济，缓解灾荒。加上胡娇在边城叛乱中英勇出城请援兵，传奇夫妻令人惊叹。夫妻俩共克时艰，许清嘉步步高升。不料，许清嘉事业突然跌入谷底，病如山倒。两人只好回到老家，胡娇挺身而出，彰显天赋经商养家，许清嘉赋闲在家抓后勤。没多久，许清嘉的事业反转，毅然顶住压力进京，夫妻二人不忘初心，再度齐力破贪官，走上了攻坚为民之路 。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
