男主角楚毅原是仙界最强狠人，但一次意外的渡劫失败让他回到过去曾经还是普通人时的日子。修仙大佬降临现代都市，成为一名普通底层打工人，既要老老实实上班，又要降维打击各路流氓恶霸，伸张正义，锄强扶弱，真是能力越大，责任越大。
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
伫立于近未来大都市一角的忍者宅邸。住在那里的忍者一族石动家的长女·律花，憧憬着身为研究人员的父亲。她觉得平凡而幸福的生活会一直持续下去，但就在某一天，宅邸突然遭到某人的袭击。面对走投无路的危机，律花果敢地挺身而出，但——。成为劈开黑暗的“黑”吧！
