《粗点心战争》讲述改编自コトヤマ创作的同名漫画作品。位於日本超偏远地区的某家粗点心（古早味零食一类）店中，有一位梦想著成为漫画家的少年「鹿田九」，但他却被自己的父亲「鹿田洋」以半强迫的方式要求继承店面经营。此时一位拥有亮丽外表的千金大小姐「枝垂莹」突然登场，并透露出洋身为业界名人的事实。以此为契机，一连串环绕著这家小店的粗点心喜剧就此开演！
青春期综合征――传闻中由不稳定的精神状态引发的奇妙现象。曾于高中时期邂逅过各类青春期综合征少女的"梓川咲太"也已成为大学生。作为国民级人气女演员的恋人"樱岛麻衣"一同考入金泽八景某大学的他，在校园里发现了一位不合时令的迷你裙圣诞少女。吃了一惊。"你居然能看见我啊"似曾相识的台词。
在浩瀚的宇宙中，经过长期岁月辗转，被秘密选召出的四个小动物，作为“迷你特工队”保护地球的和平，他们是最强战士：弗特、赛米、露西、麦克斯！数百年后宇宙海盗丹丹团三人组——卡拉、丹特、丹乔，在某个小行星发现了被封印的外星人杰苏，并解开封印让其重见天日。杰苏的力量源于生命体所散发出的负面情感（恐惧、伤心），被称作不幸能量。这伙邪恶势力筹划在地球不断制造危机，并从地球上的生命体获得不幸能量。 迷你特工队为保护地球，与邪恶势力展开了激烈的战斗！
