《阿提耶第三季》故事围绕在伊斯坦堡年轻美丽的女画家Atiye，她的人生正值巅峰、有个爱她的有钱男友、幸福的家庭，第一场个人画展即将开幕。不过这一切将由于考古学家Erhan 在「哥贝克力山丘」最古老神庙废墟的新发现而产生剧变，找到的符号将Atiye 与「哥贝克力山丘」紧密地连结在一起，Atiye 必须揭开自身的神秘过往。
故事发生在20世纪30年代初，心怀叵测的日本帝国主义在满洲里扶植起满清傀儡政府，旅顺作为东北地区的交通要冲成为他们染指中原的重要跳板。但是伪满地区的人民不甘心做亡国奴，他们奋起反抗，与入侵者展开连番缠斗。旅顺城外马家屯，默默无闻的佃户马三炮（沙溢 饰）就被推到了历史前沿，进而和龙家大少爷龙千言（李晨 饰）、戏班花旦万山红（马苏 饰）、青龙会大当家高亚男（李倩 饰）等有着不同身份背景的人联系在一起，成为抗日队伍中强悍而又令人耳目一新的有生力量。与之相对，关东军特别行动队队长北原浩行（大冢匡将 饰）则试图以残酷血腥的手段降服旅顺。
观世音的前世慈航大士面对佛祖立下宏愿，转世人间度醒众生，点悟从善之道，使众生脱离苦海。正当慈航大士转世妙庄王国三公主妙善时，黑衣魔女（即魔鲤）亦翻卷乌云，包围祥云一起落入妙庄王的寝宫，言三公主乃妖魔附体，不除掉三公主江山难保的舆论蛊惑大臣百姓。宰相霍羽一心谋取王位，也以此为由逼迫国王将女婴投海......三公主得救后，黑衣魔女恶心不死，追至大香山以魔法对冒险救助并精心养育妙善的尹妈一家制造病伤事故威胁尹家夫妇。计不得逞，又将尹妙父女推下山崖，欲置妙善于死地。
