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这里是某中学的理科室————。科学部部长上野，是恋慕着部内学弟田中的恋爱少女。她使用天才过头的异想天开发明品，采取各种手段试图吸引田中的注意。一年级的部员山下也以沉着冷静的辅助来支援上野！上野的恋情究竟能否成功！？
带着容易引起灾难的危险秘宝“魔剑目录”，居无定所的流浪剑士，殇不患。从祖国西幽离开辗转来到了东离之地后，好不容易获得了一时安宁的他，不料被仇敌“祸世螟蝗”得知这个消息，再次陷入危机之中。从遥远的西幽不断接揰而来的异能、异形的刺客们。就在殇不患面对这样的困境之中，身穿红莲之衣谜一般的吟游诗人就此现身。
主角高文，本是地球上的一名普通人，却遭逢飞机失事，它的意识穿越时空，附生在了诺伦星球的一颗人造卫星上。在当“卫星精”的岁月中，他站在“上帝视角”，见证着诺伦星球生命的出现，文明的诞生与更替。终于，随着卫星的逃逸系统启动，高文的意识被发送到了一个公国逝世700年的开国领袖身上，揭棺而起的他将用先进的科技与思想挽大厦之将倾，让公国再次伟大！
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
