第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
辛亥革命胜利之后的民国初年，江南才女沈碧云为了实现进入中国最大的私人藏书楼博览群书、为所有学子争取读书的权利的理想，也为了探查杀父仇人，不惜以终生幸福为赌注，嫁入藏书楼之主的宣家，却由此陷入宣家内部的勾心斗角、争权夺利漩涡，遭遇重重危机，尝尽人情冷暖，几度出生入死，宣家也经历了一次次浩劫，直至家破人亡，碧云仍然矢志不渝，在宣家四少爷宣孝季和进步青年吴时的帮助下，凭着坚强的信念和过人的智慧拯救了宣家，成为宣家新当家人，并查清真凶，报得父仇。最终，沈碧云冲破封建祖制开放书楼，包括碧云在内的莘莘学子得以登楼读书。
这部四集综合剧描绘了陷入SNS的年轻人内心的黑暗和恐惧。三上爱在第一集“不纯的喜欢”中担任主角，该集涉及过度渴望认可的主题，而冈山天音在第二集“林奇俱乐部”中担任主角，该集涉及过度的认可欲望在SNS上有着失控的正义感。此外，菅健太主演的第三集《S侦探》描绘了识别个人信息的网络跟踪的恐怖，而在第四集《名不见经传》中，一名年轻人采取了极端行动增加矶村扮演的追随者数量。
这段故事背景设定在二十世纪二十年代的民国初期，充满了天灾人祸和兵乱，民众生活在苦不堪言的环境中。主人公杨逸（朱元冰 饰），一个体内隐藏着龙灵之力的小郎中，由于一场瘟疫事件而被卷入上海各个势力间的复杂争斗之中。在这些争斗中，杨逸结识了上海市市长莫森之女莫小渝（邢菲 饰），并与她展开了一段动人的爱情。然而，背后的黑手是杨逸的师叔多同，他追求“长生”的狂妄幻想驱使他不择手段，散播瘟疫，将人作为药材来炼制禁药，从中获取巨大利润。更甚的是，他不惜暗杀政要，挑拨各方军阀之间的矛盾，意图诱发更大的战乱。多同的最终目标是实现“六祸”，通过血祭众生来达成他个人长生的邪恶目的。他的计划不仅对杨逸和莫小渝构成了重大威胁，也对整个上海以及更广泛的地区稳定和民众生活带来了极大的危害。
