南京名门望族罗氏家族三个同父异母和同母异父的兄弟，因上一代的情感恩怨天各一方。1937年，日军的蹄铁践踏中华大地，家破人亡、流离失所的三兄弟机缘巧合的再次相见。国难当头，三兄弟放弃个人恩怨，在兄长共产党员顾世民的带领下，利用各自优势所长，在抗战大业中屡立奇功。一次突发事件，罗也夫查出日军正在秘密研制“觉醒剂”化学武器，欲以自杀式人肉炸弹轰炸重庆指挥中心。罗也夫凭借自己的专业知识，勇敢地打入敌人内部。期间，他受到恋人的误解，同胞们的责骂，危机四伏的杀机。最后罗也夫、顾世民、罗也君三兄弟携手抗敌，凭借坚强的信念，不屈不饶的狼性精神，成功炸毁了日军化学武器军工厂 。
被冠以弑父罪名流放荒原的公主凤漓，七年后以妖君之名重归墨城。她在姨母孟妩操控的雀楼盛宴中，选中了身份成谜的东篱遗孤云湛。一场表面荒淫的选奴戏码，实则是凤漓对各方势力的血腥清洗。云湛以雀奴身份步步逼近，既是刺杀目标，亦是故人重逢，两人竟是幼时在荒原相依为命的患难之交。凤漓借疯批人设暗中追查弑父真相，云湛假意臣服伺机报仇复国，却在虚情假意的耳鬓厮磨间深陷情网。当凤漓发现云湛腰间烙印认出故人，当云湛目睹她呕血仍含笑饮毒，伪装尽碎。姨母孟妩的傀儡阴谋，西岐少主的和亲棋局，东篱旧部的复仇烈焰，皆在女君大婚之日引爆。终凤漓手持虎符踏碎阴谋，云湛为她背离复国大业，两个从地狱爬出的灵魂，在血色王座上相拥。
阿芳（蓝洁瑛 饰）是两个孩子的母亲，这天她却莫名卷入了一起谋杀案。虽然丈夫带着两个孩子四处奔波为她讨回公道，但最终阿芳还是被判了死刑。随后丈夫也抛下两个儿子阿健（黄日华 饰）和阿康（温兆伦 饰）自杀了。云姨虽然只是医院的一名清洁工，收入不多，但不忍心看着两个孩子孤苦伶仃，于是收养了他们，此外云姨还收养了另外两个孤儿，一家五口过着清贫的生活。阿健16岁就为了生计放弃了学业，当了一名出租车司机。阿康十分争气，在大哥的供养下以优异的成绩从香港大学法律系毕业，顺利拿到了律师牌。阿康虽然十分能干，但他为人却十分残忍，为求目标不择手段；而阿健却正好相反，为人十分耿直，在是非面前绝不含糊。两个亲兄弟即将展开一段恩怨情仇！
以真实案件为基础，延用《原罪》第一部的纪实风格。故事以单元案件展开，并将两位主人公的命运、情感与案件深度交织，在个案中着重刻画“法医”的角色特性。作品着重凸显“三感”：节奏感、悬念感、宿命感。在短时长的快节奏叙事中，兼容高浓度的人物情感和沉浸式探秘快感。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
安然（孙雅 饰）和丈夫欧阳一峰（安泽豪 饰）结婚多年，两人共同养育着可爱的女儿蒙蒙（高欣宇 饰），生活虽然平淡，但却充满了幸福。安然唯一的遗憾就是家中比上不足比下有余的经济状况，然而欧阳一峰向来淡泊名利，并不愿意为了获得更好的生活而努力拼搏，小小的失望埋藏在安然的心底，渐渐生根发芽。
