第四季一开篇，Tommy Gavin一如既往地陷入麻烦之中。Sheila要求他从FDNY退休，跟她一起去海边，在那栋她用911遗孀抚恤金买的豪宅中享受二人世界，但Tommy拒绝了。恼羞成怒的Sheila对Tommy下了迷奸药，然后放火把房子夷为平地。醒来后的Tommy记不清当时的状况，再加上他的暴力、酗酒、酒后短暂失忆等前科，使得保险公司将他作为纵火嫌疑犯进行调查。一时间，关于Tommy的流言蜚语遍布了FDNY，甚至惊动了FDNY的高层，他们决定从内部调查Tommy。Tommy的饭碗和人身自由都处于不保的境地。
2261年，沃伦人加入了暗影战争，但当沃伦人开始摧毁他们认为受到暗影“影响”的整颗星球时，他们的策略引起了联盟的担忧。巴比伦5号对此感到不安，于是招募了其他几个强大而古老的种族（即“先民”）加入他们的阵营，共同对抗暗影和沃伦人。约翰·谢里丹上尉逃离扎哈杜姆后返回空间站，但他付出了代价：除非生病或受伤，否则他只剩下20年的生命。陪伴他的是一位名叫洛瑞恩的神秘外星人，洛瑞恩自称是银河系中最古老的智慧生物。
