第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
民国初，山东济南武林高手“燕子李三”被官府斩杀。李三师弟李显隐退江湖，将绝世轻功传与徒弟李云飞、李云馨、李云龙。十年后李显师徒回到济南，与日本武士对决抗争，名声大振.百姓称，燕子李三回来了。抗战时期，李显师徒投入到全民抗战的洪流中。三徒弟李云龙薄弱的内心和膨胀的私欲，使他最终成为了彻头彻尾的走狗，不得善终。二徒弟李云馨开武馆，传授武艺。大徒弟李云飞体会到，凭借武林气节，单打独斗，不可能真正救国，毅然加入抗战。
1937年，中华民族进入了最为苦难的一段时期。日寇侵华，血腥的铁蹄踏遍神州，熊熊战火灼烧着祖国每一寸土地。在国难当头的危机时刻，留学多年的数学博士陈家鹄（郭晓冬 饰）携日籍妻子惠子（尹媗 饰）回国，希望奉献自己渺小的光和热。由于他在国外曾对日本的电报密码有所了解，因此陈成了日寇急欲猎杀的目标，也成为国民政府积极网络的对象。经过一番波折，他最终加入国民党军统下辖的密电破译机构“黑室”的一员，虽然憎恨国民党的腐败，但是受制于人的陈仍被迫为黑室工作。在此期间，他和惠子也因身份的特殊屡遭军统刁难。与此同时，我党人员成功打入黑室，为了新中国的建立做着最后的努力……本片根据著名作家麦家的同名小说改编。
讲述了宁真童年时期目睹父亲遇害现场，母亲离奇失踪，刑警队长陆征为查清真相惨遭杀害。现场留下的神秘符号“深渊”，将宁真、陆征的女儿陆凡和徒弟曹进几人的命运紧密相连。多年后，“深渊”再现，连环命案，迷雾重重，仿佛陷入无法逃脱的宿命的故事。
