第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
故事发生在1944年，第二次世界大战接近尾声，日本帝国主义在海外的攻势也成为强弩之末。历经八年战火荼毒的中国，就此也到了生死存亡的决定时刻。中美英三国策划对日寇发动联合反击，肩负着艰巨使命的美国飞虎队王牌飞行员卡恩驾驶P-40战斗机飞临滇西上空，谁知却遭到此前获悉情报的日本空军的狙击。经过一番对决，卡恩的飞机遭到重创，他也不得不跳伞落入了滇西的密林之中。日军阳光司令部旋即派兵展开地毯式搜索，而八路军游击队、美军伞兵特遣队、国民党远征军也分别开始了营救行动。
卫刚（孙淳 饰）是华东医院的院长，他的妻子亚玲（李凤绪 饰）因为精神问题常年居住在疗养院中，而两人的独生女蓉蓉（张歆艺 饰）则和名为郝好（高鑫 饰）的男子交往多年。在卫刚六十岁生日这天，亚玲和蓉蓉都回到了家中为卫刚祝寿，郝好更是借此良辰美景，大胆的向蓉蓉求婚。可是，也正是在这一天夜里，郝好的老师宗凤（江珊 饰）痛失爱子斯宁（袁文康 饰），她将一台手机放在了斯宁的墓地之中，整日深陷在悲痛中，日日拨打着这个根本就不可能会接通的号码。然而，某日，这个号码却意外的接通了，电话的那一头，是一个名为马东（袁弘 饰）的陌生男子。
讲述法医鼻祖宋慈的成长传奇。
