第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
顺治帝死后，玄烨（邓超 饰）在孝庄太皇太后（潘虹 饰）的推动之下扳倒了本应登上皇位的康亲王，继承王位，改元康熙。之后，一部分满臣不满康熙推行的满汉一家政策，企图趁其根基未稳之时生事，掀起了文字狱，谋划了天算案。陆建（李建义 饰）和汤若望是康熙的旧相识，两人受到案件牵 连，危在旦夕。为了保护朋友，康熙愤起舌战群臣，在此过程中，磨炼了心志，从懵懂而又青涩的太子，成长为了手握天下大权运筹帷幄的君王。索尼（曹培昌 饰）死后，鳌拜（王辉 饰）开始将贪婪的爪牙伸向王位，他手握兵权虎视眈眈，直接威胁到了康熙的安危，与此同时，后宫之中危急连发，勾心斗角之事未曾断绝。 ©豆瓣
1950年，山东村妇刘月季（刘佳 饰）接到离家出走多年的丈夫钟匡民（巫刚 饰）的来信，由于当年是包办婚姻，钟要求解除婚姻关系。刘月季带着孩子千里迢迢赶赴新疆，见到了已升任团长的钟匡民，同意跟他离婚。离婚后，月季与大儿子钟槐（耿乐 饰）一起在当地参加了工作，钟匡民则与美貌有文化的秘书孟苇婷（柯蓝 饰）结合了。钟槐与钟杨（王骁 饰）不能理解父亲的做法，认为他就是陈世美，后经多次沟通矛盾化解。钟槐阴差阳错结识了刘玉兰（崔波 饰），成亲后不久玉兰因救牧民羊群牺牲，而钟槐也因救人截去一条腿。钟匡民无暇照顾生病的盂苇婷，多亏刘月季竭力相帮，至到文革期间再次发病，关在牛棚的钟匡民都没能与妻子最后诀别...
