故事发生在上世纪七十年代初期。上山下乡运动如火如荼，庄会生（史天庚 饰）因暗恋叶晓帆（王媛可 饰），偷改志愿，结果事与愿违，独自去了陕北，而叶晓帆、乔海洋（张译 饰）等人则分配到东北建设兵团。纨绔子弟段军对叶一见倾心，但叶只对海洋有好感。范学东（刘向京 饰）心胸狭窄，一次次给开朗乐观的海洋下套，但都被大嘴连长（程煜 饰）解围。刘北上（王桂峰 饰）与海洋亲如兄弟，他喜欢上郑红梅（沈傲君 饰），而红梅暗恋的却是乔海洋。叶晓帆对段军的骚忧防不胜防，为此海洋与他大打出手，但最终晓帆还是落入段军设下的圈套，被其强奸致孕，自杀时被招工回城的庄会生救下，闻讯后的乔海洋彻底绝望......
故事始于2011年。一名杀害年轻女人的杀人狂让首都陷入恐慌，大尉米哈伊尔·索洛维约夫警官追踪这名杀人狂已经两年多。在一次逃避追捕过程中，杀人狂用汽车将索洛维约夫撞倒在地。醒来后，索洛维约夫发现自己穿越回了1979年的苏联。虽然不知道自己身上到底发生了什么，苏联警察索洛维约夫正努力地适应周遭的新环境，同时也在试图找出自己穿越的原因。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
该剧通过钟军以及信访干部陶然、马长乐、胡大壮和吴晴晴等一组人物群像，透过妥善处理与民营企业家齐东的房地产公司超期违建案件，化解沈静跳楼案、老董索要 赔偿案、陈欣与学校的教育纠纷案、林芳丈夫冤死案、兰玥植物人医疗纠纷案和江东市环保垃圾处理厂污染案以及吴川老兵的视角，充分展示了以钟军为代表的新时 期信访干部良好的精神境界和时代风貌，面对上访人的冤屈和疾苦，打骂和侮辱，感激和泪水，面对家人的责难和误解，他们始终保持着冷静而客观的态度，始终坚 持“百姓的事无小事，百姓的事比天大”的理念，勤勤恳恳办实事、任劳任怨解民忧。
