主角意外穿越至与《我的世界》高度契合的方块异世界，这里曾是生机盎然的方块天地，却因“虚空腐化”的蔓延濒临崩塌——腐化之力吞噬方块大陆，扭曲生物形态，就连末地、下界也沦为黑暗巢穴，人类据点仅剩最后一隅，世界步入毁灭倒计时。
阿部晴明是一位害羞、爱哭、笨手笨脚的人类老师。
田小班是一位十岁大的男孩，他的生活因为一个撞上地球的陨石而永远改变。从天而降的陨石带来了 Omnitrix，让他拥有变身成十种以上外星英雄的能力，而每一个英雄都有独特的神奇力量。自此，阿奔成为一个超级英雄。在爷爷马克与堂妹小玟的帮助下，阿奔肩负起保卫世界的任务。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
