2020年。人类从平流层下降，被怪异的生命体·怪异所威胁。为了讨伐怪异而组织起来的是怪伐军。那个将脑内的视觉系统具体化，拥有“超脑力”的人的集团。完成入伍的Yite和kazane，被卷入无法抗拒的命运和世界的真相。
万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。
未来的地球被置于“清洁地球政策”之下，寻求将人口、环境、污染等问题转移到地球之外的出路。随着火星和月球成为工业废料和罪犯流放地，在月球上组织军队的戈德海德博士研制出名为“黑熊”的量产战斗机器人，开始反抗地球。战斗的余波传到了由布鲁海姆博士和西尔维斯特将军指挥的地球联邦军物质传送系统试验场，一枚导弹撞上了实验设备。此次冲击导致电脑爱好者少年香取圭为竞技网游所制作的战斗机器人的数据与地球联邦的计算机混合，而圭编写的程序“Rezarion”通过物质传送装置的力量实体化。由于这些事件，他卷入了一场保护地球的战斗。
艾恩是一名【鉴定师】，一个只有【鉴定】才能完成的弱势职业。同辈们都叫他“垃圾收集者”并虐待他，他自不量力，过着卑微的生活。当艾恩遇见世界树之灵尤里和世界树的智慧守护者乌苏拉时，他的命运发生了巨大的变化。艾恩从尤莉手中得到灵眼，并接受乌苏拉的特别训练以掌握灵眼，实力逐渐增强。为了实现尤莉的愿望“与世界树的其他姐妹见面”，他踏上了旅程。凭借天生的善良和新获得的勇气，他克服了各种挑战。
