在万恶的魔界，恶魔阿萨谢尔（小野坂昌也 配音）与旧相识阿摩（玄田哲章 配音）聊天。对方拥有一颗传说中可带来不幸的玛丽•安托瓦内特的宝石，言语间透着骄傲和自豪，进而嘲笑被恶魔侦探芥边（浪川大辅 配音）百般嘲笑和支使的阿萨谢尔。就在此时，郁闷的阿萨谢尔被召唤到人间，召唤者正是芥边的助手佐隈玲子（佐藤利奈 配音）。为了熟悉召唤恶魔的技巧，她一次次练习，谁知这次出错竟然召唤来高傲邪恶的阿摩。虽然模样大变，但是阿摩不改狂野本性，对玲子展开百般欺凌…
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
