这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
每当大象市出现危机时，就会有三个铠兽超人挺身而出，他们就是阿呜、浣影和蓝方包。某天，阿呜家来了个名叫依乐的智能生命，她告诉阿呜他们，智能次元出现了一个叫零的邪恶的智能生命，它企图统治整个人类世界，并感染了其他智能生命，导致它们暴走，引发了一系列的破坏和灾害。为了保卫城市，阿呜三人和依乐组成了全新的铠兽战队。
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故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
