1949年秋天，人民解放军挺进东南，占领福建。国民党军上尉参谋罗进及其家人随败兵车队撤往沿海，途中车队遭受伏击，罗进与妻子刘小凤和出生不久的女儿于战场失散。伏击车队的解放军连长杜荣林下令把战场上拾到的女婴送附近农家收养。后来，他收养了这个女婴。杜荣林一直坚守于海防前线。剿匪期间，他负重伤，与医生秦秀珍产生感情并结婚，那个年代特殊的生活经历使杜荣林和养女杜山感情深厚。后来，杜荣林重返海防部队，杜山考上大学，杜家重现生机。其间杜荣林一直搜寻罗进，想搞清楚其与自己家庭的种种缘由，但是一再失之交臂。改革开放时期，随着两岸关系的发展，罗进父子以台商身份到大陆投资，罗进最终了却心愿认女。杜荣林经受认女冲击和家庭变故，却襟怀宽大入情入理。部队整编后，杜荣林解甲归田离休，住进干休所，他关注海峡，至死不渝。
22年前，于澳门街内，朱莎娇是夜总会的台柱，与港大学生祝展辉发生了一段情并怀了身孕，展辉却要远赴纽约修读新闻系。因此，莎娇便独自一人诞下女儿祝君好。莎娇的歌坛姐妹文贵芳因受不住司警男友遗弃的打击，以腐蚀性液体灌害她的儿子文初，幸莎娇及时救回其性命，但文初却从此变成哑巴。莎娇收养了文初并抚养成人。22年后，君好与文初长大成人，展辉的爱徒司徒礼信在一次机缘巧合下，与君好及文初成了好友，并想尽办法医好文初的病。文初再遇生母芳，并用自己的储蓄为芳还债。此时，文初与礼信都发现自己爱上君好，文初为了君好的幸福而退出这段
大理寺少卿张翼(黄宥明 饰)，身负血仇，隐忍潜伏。明面上，他与锦衣卫沈由之（徐杨 饰）联手追凶，从对峙走向协作；暗地里，他正是操纵全局的复仇之手。当所有阴谋指向终点，一场精心策划的正义陷阱骤然收网，众人命运在此刻激烈交汇，于谍影重重中迎来最终的选择。
以真实案件为基础，延用《原罪》第一部的纪实风格。故事以单元案件展开，并将两位主人公的命运、情感与案件深度交织，在个案中着重刻画“法医”的角色特性。作品着重凸显“三感”：节奏感、悬念感、宿命感。在短时长的快节奏叙事中，兼容高浓度的人物情感和沉浸式探秘快感。
在战火纷飞、动荡不安的20世纪前半叶，人民宛如苍茫大海中的浮萍，命运抉择全部由己。在那两次世界范围内大屠杀的间隙，时代的潮流将几个年轻人推到了一起。第一次世界大战期间孤绝于世外的乐土美国，聚集着三名来自东方的留学生，分别是中国青年文为均（赵文瑄 饰）、山本五十六的表弟山本康夫（冯远征 饰）以及美丽的日本皇族后裔青田秀（邬倩倩 饰），爱情与理想构成了他们生活中的主旋律，而二次大战以及侵华战争的阴影将青年们无情抛回现实世界。康夫在山本五十六的授意下组建密码部，他不仅承受巨大的苛责，与妻子阿秀的关系也日趋紧张；文为均愿以一生所学报效祖国，却饱受倾轧和迫害。战火之下，人之渺小
