第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
1941年太平洋战争爆发后，一艘中立国瑞士的商船“海狼号”秘密驶进了上海。在这艘商船上，集中了以船长、中共地下党员许伯涛为首的一群爱国青年，其中以大副萧汉光、水手长余龙、电讯员秦坤为骨干。这三人分别渗透到了“军统”和“中统”以及汪伪特工总部的“76号”与日特机关周旋，演绎出一系列惊心动魄的故事。从暗杀“军统”叛徒到护送中共要员进行策反，从三夺乾隆皇帝御封的“龙泉”宝剑到四盗德国纳粹提供给上海日军的轰炸机瞄准仪，从巧送电台到延安到为中国远征军送达最高命令，从破获日特机关在重庆密布的“银狐”间谍网，到护送蒋介石到开罗出席“三巨头”会议，剧情跌宕起伏，险象环生，讴歌了中华民族的浩然正气，书写了中华儿女可歌可泣的壮丽诗篇。
故事发生在二十世纪七十年代，凤凰小镇坐落在凤凰山下，是一个洋溢着宁静与安详气息的世外桃源。单纯善良的何三妹（练束梅 饰）爱上了在思想宣传队工作的李大庆（李健 饰），两人情投意合很快就走到了一起。然而这段感情却被一直暗恋着何三妹的杨豆筋（刘亭作 饰）抹黑成为了“奸情”，何三妹受到了组织的严厉惩罚，被发配到偏远的河东小学任教。之后，杨豆筋又使诈，使得何三妹同李大庆之间产生了误会，杨豆筋此时趁虚而入，欺骗蒙蔽了天真的何三妹，让她成为了自己的新娘。在新婚之夜，何三妹终于识破了杨豆筋的真面目，可是一切都为时已晚，等待着何三妹的，是充满了屈辱和痛苦的婚姻生活。
在这个仅有5%的指挥家是女性的世界里，车世音大师脱颖而出，成为业界最优秀的指挥家之一。
开朗乐观的女孩林多美（赵韩樱子 饰）仿佛是被上苍眷顾的幸运儿，她相貌美丽，性格和善，家境优渥，并受过良好教育，如果不是遇到那个曾被她视作真命天子的陈笑飞（蒋毅 饰），她的人生也许会更加令人欣羡。在她和陈走入婚礼殿堂的第四个年头，哥哥林多俊（李泰 饰）也终于决定和女友文馨（海陆 饰）携手终生。文馨拥有不幸的童年和悲伤的恋爱经历，磨难让她的性格朝向错误的方向发展。婚后文馨意外发现，妹夫陈笑飞竟然就是她当年的初恋男友。严重的心理落差加上旧情复燃，让癫狂的种子生根发芽。另一方面，陈在林家的公司中并未得到重用赏识，这也让他心中萌生不满。一场风暴即将向这个看似幸福的富贵之家袭来……
