校园课外活动在合唱团小伙伴的努力下终于恢复，校董植念却又有了新的计谋，她一手促成了诸多社团为刷票陷入混战的局面。为了统一管理学生，她还发明了“智能手环”企图控制学生校园生活的方方面面…… 孩子们成长的烦恼也慢慢显现：周沫因自己女孩子般的嗓音和胖胖体型而自卑；高诗远无法定义自己对孙天圣莫名的情愫；格桑急需大笔奖学金，无奈转学光明中学；艾晓欣和三个不知名女子混迹在一起不愿意被其他小伙伴知道；一张没有名字的癌症化验单让大家感受到死亡的概念并且陷入恐惧……
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
