第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
辛亥革命胜利之后的民国初年，江南才女沈碧云为了实现进入中国最大的私人藏书楼博览群书、为所有学子争取读书的权利的理想，也为了探查杀父仇人，不惜以终生幸福为赌注，嫁入藏书楼之主的宣家，却由此陷入宣家内部的勾心斗角、争权夺利漩涡，遭遇重重危机，尝尽人情冷暖，几度出生入死，宣家也经历了一次次浩劫，直至家破人亡，碧云仍然矢志不渝，在宣家四少爷宣孝季和进步青年吴时的帮助下，凭着坚强的信念和过人的智慧拯救了宣家，成为宣家新当家人，并查清真凶，报得父仇。最终，沈碧云冲破封建祖制开放书楼，包括碧云在内的莘莘学子得以登楼读书。
大明成化十四年，六品推官唐泛和锦衣卫总旗隋州联手，破获侯爷公子遇害悬案，两人一时名声大振，结下情谊。虽名声在外，为官清廉的唐泛仍租房度日，贤德房东张氏却横死密室，看似自杀却疑点重重。一番排查，死者的夫君李漫终被擒获。不久唐泛赴河南查案，获悉北宋帝陵附 近多人相继失踪，真凶又是越狱的李漫。一番殊死较量，李漫再次落网，但李漫及其爪牙似乎只是棋子。随即，京城与地方上大案不断，“侍郎夫妇横死案”、“诱拐太子案”，背后均隐现朝堂势力。唐泛与隋州最终揭露真相，一连串案件的幕后推手，正是密谋造反的东厂督主尚铭。其利用所掌握的朝野势力，制造混乱，铲除异己，培植羽翼，意图为造反打下基础。唐泛与隋州合力粉碎了尚铭的阴谋，受到嘉奖。二人继续勤勉为官，持心公正，脚踏实地惩奸除恶，为给百姓一个太平天下而不断努力。
