杨初末（金雯昕 饰）是一位天真烂漫个性开朗的少女，幸运的考入了当地最有名的艺术大学星辰音乐学院。在学校里，杨初末偶然邂逅了名为慕流年（方逸伦 饰）的男生，慕流年凭借着高超的琴技，成为了学校里的风云人物。 让杨初末没有想到的是，高高在上的慕流年，竟然就是自己小时候喜欢过的邻家哥哥，杨初末想要用一首钢琴曲来唤起慕流年对自己的回忆，哪知道糟糕的演奏让慕流年对她敬而远之。学校里举办了一届音乐比赛，获胜的选手能够获得高额的奖金，杨初末想要和慕流年搭档参加比赛，遭到了后者无情的拒绝。
一场意外让公主李静（颖儿 饰）结识了名为王英（刘恺威 饰）的男子，随着时间的推移，李静渐渐对王英情愫暗生。因为误伤李静，王英被打入大牢，李静苦苦哀求之下，王英才免于一死，被发配边疆。狐妖小唯（白冰 饰）因为违反了妖典律法而被关入了寒冰地狱，然而，她却心心念念着曾经的恋人。一番寻找之后，小唯发现王英正是她想要再续前缘的男子，然而，血月月食在即，小唯如果不能找到同源异心，就将魂飞魄散，因此，她不得不吸食血阳，唯此才能够保持人形。小唯创造了和王英相识的机会，随着时间的推移，两人之间渐渐产生了感情，就在此时，李静千里迢迢前来寻找王英，她将王英和小唯之间的亲密全部看在眼里
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
