1979年10月，韩国总统朴正熙被韩国中央情报部部长金载圭枪杀的事件，触发了全斗焕的军事政变，而后发展为南韩最动荡的时期。MBC电视剧大作《第五共和国》就是有关当年朴总统被行刺，以及全斗焕发动军事政变而令第十届总统崔圭夏下台的经过。剧中还涉及民主党与军人政府的权力竞争 ，更讲述全斗焕成立第五共和国政府，至1988年汉城奥运会的开幕，至后来由直接选举选出的第13届总统卢泰愚鲜为人知的幕后一面。
陈三元(滕丽名 饰)自小就受叔叔小生（欧阳震华 饰）影响，大学毕业后便当上了警察，是个陀枪女警。表现出色调到了“扫黄组”，但上司程峰（魏骏杰 饰）一直对她有性别歧视，好胜的她一直争取好表现。期间她认识了当文职的朱素娥（关咏荷 饰），人称娥姐。娥姐原本有一个幸福的家庭，后来离婚了不得不也做一个陀枪女警。接着娥姐也认识了小生，与小生成为了一对斗气冤家，后来竟然变成了情侣。而三元与程峰经过一段相处后互相了解了许多，成为了好朋友。令三元想不到的是自己竟然喜欢上了程峰……
来自蒙古科尔沁旗的大玉儿（宁静 饰）从小被誉为“满蒙第一美女”，她和皇太极（刘德凯 饰）之弟、睿亲王多尔衮（马景涛 饰）从小青梅竹马、按许终身，却被皇太极纳为侧福晋，被封永福宫庄妃，与多尔衮成了叔嫂关系，但始终余情未了。皇太极突然驾崩，帝位之争风起云涌，掌握兵权的多尔衮成为皇太极长子豪格的最大敌手，却出乎意料拥护大玉儿之子福临（严昆 饰）即位，大玉儿至此成为孝庄太后。为了儿子的帝位、大清基业，孝庄始终和多尔衮保持若即若离关系，而为了太后的清誉，两人多年的炙热感情也只剩下发乎情止乎礼的遗憾。多尔衮英年早逝，孝庄也只能把痛苦埋在心底，用尽手段辅佐顺治帝的统治，而顺治遭遇爱妃董鄂氏（舒畅 饰）病故，萌发出世念头，孝庄不得已立顺治之子玄烨为帝，年号康熙，开创一代大清盛世。
