在森林小镇，羚羚羊老大的初代克隆羊已悉数落网！但这位反派首领并未放弃，选择悄然潜入水城，研发出了各具特色...
天才少女小珍和她的冒险家爷爷发现了一片未被人发现的土地—”恐龙小岛”。恐龙们不分年代、食性、大小都在这片土地上和睦相处，它们拥有智慧、能和人类对话。小珍考虑到恐龙们的安全和生活的便利，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”，并组建了恐龙救援队“龙宝小英雄”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捕捉恐龙，惹出了各种事端。今天龙宝小英雄们又出动去拯救陷入危机的恐龙了！
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
在一次挖地超人制造的大混乱中，超人家庭大力神巴鲍伯（格雷格·T·尼尔森 Craig T. Nelson配音）和弹力女超人巴荷莉（霍利·亨特 Holly Hunter 配音）和他们的子女巴小倩（莎拉·沃威尔 Sarah Vowell 配音）、巴小飞（赫克·米尔纳 Huck Milner 配音）使出浑身解数，然而不仅不能抓住狡猾的敌人，而且还因为对城市破坏太大而导致失去了政府的支持。此后不久，电信集团大亨温斯顿·狄弗（鲍勃·奥登科克 Bob Odenkirk 配音）通过酷冰侠鲁休斯（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 配音）找到鲍伯一家，希望将该公司的前沿技术应用到超人身上，更好地维护世界和平。可是狄弗只希望雇佣荷莉，偏偏荷莉大展雄风，成为了所有超人族群的偶像，这可令担任奶爸的鲍伯心有不甘。
而就在此时，神秘对手悄然出现，似乎正试图摧毁荷莉他们所建立的新和平……
