老中医葛仁义和师哥合开一家中医诊所福安堂，师兄的意外辞世，让庸医老葛成了福安堂的一堂之主。老葛的误诊，让福安堂陷入危机，主攻西医的儿媳杜媛媛力挽狂澜，拯救了福安堂。从此福安堂变成了中西合并的诊所。欣喜之余老葛发现，自己在诊所以及家里的霸主地位遭到了动摇，老葛开始与儿媳明争暗斗。老葛扶老太引出一段忘年恋；大儿子葛当归当不了律师当厨师；二儿子葛刀豆要让福安堂上市……故事过后，老葛一家人仍然继续着自己的生活。
沈心怡（朱茵 饰）即将结婚，可父亲却在这时毫无征兆地自杀身亡，因受刺激母亲精神失常，男友也别她而去，心怡的情绪跌入谷底。多舛的命运接踵而至，她无意间又卷入另一场豪门恩怨，金海岸总经理江浩天（刘恺威 饰）主动接近沈心怡，心怡逐渐摆脱不幸的心情，她爱上了多情的浩天。浩天内心隐藏着一个不可告人的秘密，这秘密与心怡的父亲莫名死亡有关，更关系到酒店未来的命运。浩天同样爱着孤独的心怡，尽管爱的痛苦与纠结，而心怡则想知道事情真相，还亡父一个清白。林小优（李倩 饰）视心怡为世间最可信赖的人，可自己暗恋的孟少白（冯绍峰 饰）内心同样只装着心怡一人...
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
故事发生在1944年，第二次世界大战接近尾声，日本帝国主义在海外的攻势也成为强弩之末。历经八年战火荼毒的中国，就此也到了生死存亡的决定时刻。中美英三国策划对日寇发动联合反击，肩负着艰巨使命的美国飞虎队王牌飞行员卡恩驾驶P-40战斗机飞临滇西上空，谁知却遭到此前获悉情报的日本空军的狙击。经过一番对决，卡恩的飞机遭到重创，他也不得不跳伞落入了滇西的密林之中。日军阳光司令部旋即派兵展开地毯式搜索，而八路军游击队、美军伞兵特遣队、国民党远征军也分别开始了营救行动。
魔教教主龙顶天因意外来到现代社会，内心渴望平静生活的他选择留在这里打工。可魔教左右护法江氏兄妹的意外出现，打乱了龙顶天的计划。龙顶天以振兴魔教为由，将二人留下，连同老板娘陈佳怡一起共同经营“幸运咖啡馆”。可令龙顶天没有想到的是，来到现代的不只他们三人，现代的平静生活一次次掀起波澜……
