故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
拉贝尔大陆遭到外来星球帕拉尼的入侵，为了守护拉贝尔，驱逐帕拉尼的黑暗，拉贝尔的魔法少女雪城爱与帕拉尼的王子埃里克一同前往地球花千屿。在召回春、夏、秋三季的节气花信精灵后，他们却发现冬季的精灵已经受到黑暗影响，陷入混乱。雪城爱带领大家，寻找冬季节气花仙，希望能帮助他们摆脱黑暗，共同御敌。
