第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
1937年，中华民族进入了最为苦难的一段时期。日寇侵华，血腥的铁蹄踏遍神州，熊熊战火灼烧着祖国每一寸土地。在国难当头的危机时刻，留学多年的数学博士陈家鹄（郭晓冬 饰）携日籍妻子惠子（尹媗 饰）回国，希望奉献自己渺小的光和热。由于他在国外曾对日本的电报密码有所了解，因此陈成了日寇急欲猎杀的目标，也成为国民政府积极网络的对象。经过一番波折，他最终加入国民党军统下辖的密电破译机构“黑室”的一员，虽然憎恨国民党的腐败，但是受制于人的陈仍被迫为黑室工作。在此期间，他和惠子也因身份的特殊屡遭军统刁难。与此同时，我党人员成功打入黑室，为了新中国的建立做着最后的努力……本片根据著名作家麦家的同名小说改编。
孤儿周梓易和合租女生叶紫溪经过一系列的接触终于走到一起，正当两人爱意浓浓的时候，当地有名富商之子周伟宸也看上了叶紫溪，并通过手段让叶紫溪进入了自己的集团公司做私人助理，但正直的叶紫溪并没有给他任何机会。周伟宸利用叶紫溪父亲赌鬼的身份借高利贷并趁机扣押了他，以此要挟叶紫溪妥协，这时商业对手也利用此机会对周氏集团发难，关键时刻周梓易得知自己居然是周氏富商私生子，并掌握了周氏的实际掌控权。狗急跳墙的周伟宸居然吃里扒外，和外人一起对付自己的公司，并为了威胁周梓易绑架了叶紫溪，最终被周梓易成功化解了危机，并带领周氏集团重塑辉煌。
当二战行将结束之际，核爆的阴云笼罩在广岛和长崎的上空。科技的发展对我们所处世界的安全所造成的影响是显而易见的。美国差一点就在核竞赛中失利，它也不会有如此的好运。在阿尔伯特·爱因斯坦和一群值得信任的顾问的建议下，亨利·S·杜鲁门总统批准一项绝密计划，即在太平洋西北部偏远的地区设立一个住宅区，用以保护和照料全美最珍贵的人力资源。在那里居住的将是全国最伟大的思想、致力开创科学新纪元的天才科学家。在这里他们将受到最悉心的照料、获得最佳的科研环境。最顶尖的建筑师和规划师们被召集到一起，来打造一个适宜这些超级天才居住的社区。这里能为他们的孩子提供最好的教育，为他们提供最好的医疗服务，在这里生活的每一个人都能这个地方能为他们的孩子提供最好的教育，最好的医疗服务，最好的生活福利设施以及生活质量。建设中的小镇堪与美国任何一个田园风光优美的小镇相媲美。他们之间只有一个区别：即这个小镇不会出现在任何地图上。至少在五角大楼也被列为“最高机密”。
半年间，SNK剧变，总监余英飞离职、门外汉古肇华空降。张家妍虽掌权却难服众。刘艳的公开平台崛起，动摇传统媒体地位，连已入官场的许诗晴亦被卷入新旧媒体的角力。文慧心于此时复出，昭告世人：新闻女王的地位永远不可撼动！
