故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
故事发生在一个幻想中的武侠世界，这个世界普通人可以通过不断习武修练内功，激发自身精神与身体上的潜能。故事主人公林辰，是一个出身平凡，追求习武巅峰的普通武者。他在遭遇不公对待后，愤怒之下触发自身精神上的潜能，进入了类似量子效应的“心觉”状态，却也因此目睹了家人在未来即将遭遇可怕的危险。因此，为了保护家人、爱人免遭致命侵害，以及调查父亲失踪谜案，林辰以一份神秘的名单为线索，追寻这一切背后的真相，并与邪派势力展开曲折艰险的斗争，谱写出一段可歌可泣的传奇故事。
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎 配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行 配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫 配音），她是个性格冷淡的黑发少女。正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
