在霹雳带领下的超甲恐龙队拿着晴天发明的高科技装备四处驱赶地球居民，宇宙护卫队与超甲恐龙队斗智斗勇，一次次挫败他们的阴谋。他们任务中相互协作，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
一家神秘的玩具公司利用忍者神龟新获得的知名度，兄弟俩循着线索来到新泽西州，在那里他们偶然发现了一个令人震惊的事情。
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目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
