香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
娱乐公司总监的海灿海归回国，因巧合认识了老师雨彤，发现她手上的疤痕，发现她可能是自己一直要找的儿时玩伴，于是接近雨彤。而雨彤其实具有另两重人格，一种擅长拳脚功夫的阿健，另一种是美艳动人雷凯莉，因跳舞视频和海灿的好友毛峰导演走在了一起。偶然间，海灿发现雨彤就是自己要找的人，并得知她的多重人格。通过进一步接触，得知雨彤是在领养家庭里被养母虐待致病。从此海灿日日守护，两人恋爱，而在海灿前女友的多重打击下，雨彤决定离开海灿。此时，雷凯莉趁虚而入，夺下了身体的主控权，逐渐走红，海灿想要雨彤回到身边，却遭遇车祸，忘记了雨彤，误以为自己跟前女友复合。周围人的关心唤醒了雨彤，雨彤变身成阿健，打醒海灿，海灿回到雨彤身边，帮助雨彤治疗，治愈了雨彤内心的伤痛，两人不离不弃，赢得幸福人生
