在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
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第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
故事讲述的是伊娃·布鲁恩斯 (Eva Bruhns) 的故事，她是一个爱好娱乐、天真、痴情的二十四岁女孩，当她被聘为法兰克福奥斯维辛审判的翻译时，她的生活发生了意想不到的转变。
刁蛮公主升平（关咏荷 饰）冰雪聪明，热情好动。皇上一直忧心她还没有找到如意郎君，便决定把升平嫁给回纥皇子（安德尊 饰）。升平相当不甘，带着丫环逃婚。以平民的身份来到了长乐坊，与不拘小节的郭暧（欧阳震华 饰）不打不相识。刚开始郭暧等人对升平的“公主脾气”十分厌恶，但后来众人一起经历了很多波折。尤其郭暧与升平二人，患难中见真情。他们回到皇宫后正式成亲，可是宫中的繁文缛节、钩心斗角令郭暧倍感压力，升平也不知如何处理婆媳关系，致使二人误会连连。夫妻俩的不和竟被奸人利用，郭家被抄，发放边疆，升平也要再次面对远嫁异邦的问题……
