超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。
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这里是地球的某个角落，由丛林组成的原始岛屿。 奇怪的是，这里生活着三个像遭到抢劫一样的朋友。有人类少年“奥格利”， 笨熊“巴洛乌”，过度早熟的“蠢货”。 某一天，不知道是不是快递派送失误，从天上掉下了几个箱子，箱子里的各种东西给生活在原始世界的三位朋友带来了很大的混乱。 接触到陌生的现代文明的他们，今天究竟会度过怎样奇怪的一天，让我们拭目以待。
150年前，世界迎来末世，所有城市变成废墟。灾变后，生物发生未知的进化，被称为妖兽的怪物遍布世界，人类被迫建立起一座座基地城镇得以生存，而拥有各种对付妖兽能力的镖师成为新世界中连接人类聚居地的重要存在。少年陆仁伽为了调查师兄死亡的真相成为了镖师，活跃于东南片区，在历经镖局任务的各种冒险后逐渐接近真相……
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
