在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦恼精灵为目标的史前大冒险！在冒险中他们不仅认识了强族先知和不那么平凡的原始人“阿焰”，还发现了烦恼精灵的惊天秘密，先知与超迷你战士是否能突破迷雾找到真相，打败烦恼，守护世界和平呢？
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故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
