所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
在苏绿夏离开十年后，第一个古代小世界自行演绎出一个新的小世界。此时，出过一位太后的苏家已经是本朝第一外戚，地位煊赫。而登基为帝的允聆在满朝文武的苦劝下，终于同意选秀。身为庶女的苏明月原本该一路神挡杀神、佛挡杀佛，搞掉所有竞争对手，走上人生巅峰，却在设计嫡姐苏梓月后，遇到了被召唤而来的苏绿夏，两个女人在后宅展开了不见血的斗争。苏绿夏与小奶狗允聆的再续前缘，究竟会碰撞出怎样的火花？又将如何甜蜜撒糖？
“我不拯救世界，只管杀哥布林。”据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（位列第三阶）的罕见案例……一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是这名人称“哥布林杀手”的男子。他不择手段，不辞劳苦，潜心扫荡哥布林。女神官被这样的他牵着走，公会的柜台小姐感谢他，儿时玩伴的牧牛妹等候他。一名森人（Elf）少女听闻他的事迹，也现身委托任务……
狐族少女灵溪因贪玩迷路，误入戒律森严的青云仙门，被仙门尊主墨渊拦下，其纯真善良的特质意外触动墨渊沉寂万年的心弦。二人在朝夕相伴中情愫渐生，最终携手面对仙门纷争、正邪对抗与宿命阴谋，共赴成长与守护之路。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
