末世游戏突然降临现实，陈晗身为游戏玩家一路摸爬滚打，就在即将站上巅峰的时候被女朋友萧柔暗算，自己和兄弟全部遇害。再次睁开眼睛，陈晗发现自己已经重生回到了游戏降临的三天前，他发誓要让背叛自己的人付出代价，他散尽家财，在游戏充值通道关闭之前氪金十亿，提前清空各种物资，激活SSS级隐藏职业，将自己打造成最强玩家。末世再次降临后，别人还在艰难求生，陈晗却直接化身西格玛男人，拳打绿茶脚踢恶霸，成为末世之王。
主角意外穿越至与《我的世界》高度契合的方块异世界，这里曾是生机盎然的方块天地，却因“虚空腐化”的蔓延濒临崩塌——腐化之力吞噬方块大陆，扭曲生物形态，就连末地、下界也沦为黑暗巢穴，人类据点仅剩最后一隅，世界步入毁灭倒计时。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了
——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
