龙墟界域，广袤无垠，宗门林立。羽神宗独占东方一隅，传承了无尽岁月，强者无数，难以撼动。门中设有天灵院，搜罗各处的天才少年加以培养，为宗门不断输送掌握妖兽力量的妖灵师。少年聂离，由羽神宗外门执事引荐，前往天灵院修行。在天灵院，聂离与神秘少女应月茹相遇。少女掌握了能够演算天机的天衍禁术，预感到羽神宗将会在各大家族的争权之中走向分崩离析的结局，而怀有赤子之心的聂离就是唯一能阻止这一切的天选之人。两人因此成为师徒，聂离必须在应月茹的指点下一步步登上羽神宗宗主之位。
沙恩團隊結束了在東方的冒險後回到99岩洞，他們跟黑影族發生了爭執，斯拉格大地辛苦得來的和平面臨了破滅的威脅，伊萊跟隊友們忙著處理小混混們搞的噱頭，還要應付前盟友對他們越來越深的敵意，因此當泰德帶著精靈派波從地表來到此處，還用派波神奇的能力提供協助時，伊萊非常歡迎這位新隊友的加入，但是很快地，這個新來的隊友就讓這場混亂蒙上一層陰影。
故事围绕着五位少年的校园生活展开，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面，描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。在漫天樱花飞舞中，穗稀高中的学生迎来了开学典礼。四名少年曾经在春天相遇，之后便共同度过了许多个春天，今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始，冢原要强迫佑希参加学校的社团，运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后，个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上，原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此，五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
