世界会变成什么样？灵犀阁最后一位阁主到底是谁？被释放的火领主会做什么？灵犀阁会怎么样？女王和黎灰会得到灵犀之力吗？店长辛灵会回来吗？
时值龙腾世纪，大地处于一种神秘而阴森的氛围之中。安卓丝蒂教会是当时万众信仰的归属，为了阻止邪恶自私的血魔法师滥用魔法，危害人间，教会严格禁止人民是用魔法，更组建了圣殿骑士负责追查澧清各种可以分子。在这一过程中，腐败罪恶不断滋长，世界愈加黑暗。十年集会将至，信众从四面八方赶到奥莱桑帝国。在此重要时刻，血魔法师蠢蠢欲动，酝酿着更大的阴谋。拜伦所率领的圣殿骑士展开更为缜密的追查，而屠龙一族的女子卡珊德拉也参与其中。阴谋、罪恶混杂其中，拜伦发现，即使来自身边的人也变得不那么可靠，这群忠心耿耿、勇猛无敌的骑士面临前所未有的挑战…
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
未来世界库库鲁长大成人，即将加冕成为古灵仙族的国王，女神安琪儿与新一任花仙魔法使者“圣洁之光”雪城爱一起守护着拉贝尔大陆的和平，人们生活在宁静祥和之中。然而黑暗魔王借着人们内心的私欲逐渐壮大，他利用芬妮公主对安琪儿的嫉妒之心再一次发动侵袭，妄图抢夺神秘力量，花之法典中的花仙精灵被尽数黑化，拉贝尔大陆岌岌可危。危急关头，安琪儿女神不得不打开时空之门，将雪城爱与库库鲁送回过去的地球，去找到那个命定的魔法少女寻求帮助……
因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
