不死少年陆沉身陷混沌域绝地百万年，只能依托庞大魂力以神识游历诸天万界，但每次游历之后都会陷入长久的沉睡中。历经无数年的暗中布局，改变命数轮回，终于在又一次苏醒后，于神魔墓园脱困而出，如龙入海。时过境迁，昔日被迫收下的徒弟竟成了修为通天的大帝，好心收养的小女孩已成为镇压一界的仙子，就连随手捡的一只癞皮狗，也已成为一宗之祖。诸天万界，天地为局，众生为子，对抗十二苍天，一切都在他谋划百万载的旷世奇局之中。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
故事发生在 12090 年，地点是一个偏远的小镇。被统治该地区的“贵族”李伯爵吸血的年轻女孩多丽丝雇佣了一名名为“D”的吸血鬼猎人。伯爵想要将多莉丝纳入自己的吸血鬼一族，但是他的女儿拉米卡却对此表示反对，而图谋永生的强盗团伙头目灵隐星也对此表示反对，于是他们与追捕伯爵的“D”之间展开了一场激烈的战斗。
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
